Le Flûteau nageant constitue un élément représentatif et un enjeu patrimonial fort du site Natura 2000. En raréfaction sur le territoire national, l’espèce trouve encore sur les espaces préservés de la Planèze un contexte écologique favorable à son expression. Cependant, le constat des dégradations déjà réalisées dans les zones humides ainsi que la prise en compte des menaces qui continuent à peser (drainage, dégradation de la qualité des eaux) font craindre à terme une régression des populations actuelles.
Le Fluteau nageant est actuellement connu sur les entitées :
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